L'un des thèmes qui avaient fait débat lors du référendum sur le Traité Constitutionnel Européen était le principe de subsidiarité. Celui-ci veut qu'un échelon dans les administrations (ville, pays, Union Européenne, etc.) ne s'occupe d'une question que si les échelons inférieurs sont incapables de le résoudre. Ce principe est presque indissociable des raisons qui poussent justement à la construction européenne : le but est que les pays travaillent sur des politiques communes dans les domaines où, isolés, ils seraient moins efficaces. Ce qui en découle est donc que l'Union Européenne n'a pas à se préoccuper de sujets où une action nationale suffirait. Pourtant, le travail de la Commission Européenne est souvent considéré comme intrusif, ses décisions s'appliquent aux pays comme des ordres tombés du ciel, dont on connaît peu les tenants et les aboutissants. Ce peut être la conséquence d'une mauvaise information vis-à-vis des processus de décisions européens, mais bien souvent, la justification de l'action de la Commission Européenne est floue, et se pose alors la question "En quoi est-ce que cela les regarde ?".

L'Union Européenne voit ses compétences divisées entre les compétences exclusives (dont les Etats ne s'occupent pas), et les compétences partagées (où elle a prééminence sur les Etats). Les compétences exclusives concernent ce qui fait d'elle un marché unique (tarif extérieur, réglementation sur le libre échange interne, concurrence) ainsi que la politique de la pêche. Les compétences partagées sont plus nombreuses, et si elles sont prises dans le sens le plus large, concernent à peu près tout. La Commission Européenne dispose du droit d'initiative, ce qui signifie qu'elle peut agir dans un domaine si elle estime que cela va dans le sens de l'intérêt communautaire, et si cela respecte justement le principe de subsidiarité. Mais c'est elle qui juge si ce principe est respecté. Or avec l'extension de l'Union, il faut trouver un poste de commissaire pour les représentants de chaque pays dans la Commission Européenne. Quitte à créer des domaines d'intervention parfois un peu artificiels. Les commissaires qui sont à de tels postes ont alors comme préoccupation de vouloir prouver l'utilité de leur portefeuille, pour justifier leur existence. Ce qui engendre une inflation réglementaire bien peu encline à respecter le principe de subsidiarité.

Présent dans les textes communautaires depuis le Traité de Maastricht, le principe de subsidiarité aurait du être gravé dans le marbre via le Traité Constitutionnel Européen. Seulement cela n'aurait pas suffi pour autant, dans la mesure où il est nécessaire que la subsidiarité des actions entreprises soit contrôlée pour éviter les dérives. Cela peut être par exemple le rôle du Parlement Européen, qui dispose encore de trop peu de pouvoirs face à la Commission Européenne. Le but étant bien de garantir que les décisions prises soient le plus proche possible du citoyen, au niveau le plus adapté. Paradoxalement, cela peut justement être un moyen de rapprocher les Européens des institutions européennes : en prenant peut-être moins de décisions, mais qui s'imposent davantage par leur pertinence.